Hola,
El formato de video más cómodo es el que me lee en la mayoría de dispositivos, ya que si quiero hacer una edición y la aplicación no me reconoce porque esta en un formato desconocido tendría que cambiar de formato y eso me llevaría más tiempo. Pero a la vez si quiero un formato atractivo, que ofrezca más efectos, transiciones,... puede que no éste en un formato no tan habitual.
Por lo tanto no es tan fácil la respuesta... Dependerá del proyecto que tenga entre manos, si dispongo de tiempo suficiente y puedo dedicarle más para un resultado más atractivo.
Esa es mi opinión, pero puede haber diferentes opiniones y ahí lo dejo
Saludos