Es un problema de los formatos, algunos programas no entienden todos los formatos.
Yo para pasar pistas de audio y video a otros formatos utilizo el programa "ATube Catcher".
Una de las principales cosas es que te puedes bajar los audios y videos de Youtube, ademas de transformar formatos de audio y video.
aTube Catcher es un software gestor de descargas de videos gratuito para Windows. Este programa es capaz de descargar videos de YouTube, Dailymotion, Vimeo, Myspace, Metacafe, Break, 123video, Video.yahoo, Facebook, entre otros. También es capaz de descargar videos de Twitter.
https://www.atube.me/es/